19 ஆம் நூற்றாண்டில் கொலம்பியாவின் ஒரு பகுதியாக இருந்தபோது பனாமாவில் பிரிவினைவாத இயக்கங்கள் இருந்தபோதிலும், அங்கீகரிக்கப்பட்ட பனமேனிய கொடி இல்லை. 1903 ஆம் ஆண்டில், கொலம்பியாவின் செனட் அமெரிக்காவுடன் பனாமா கால்வாய் அமைப்பதற்கு முன்மொழியப்பட்ட ஒப்பந்தத்தை நிராகரித்தபோது, அமெரிக்கர்கள் பனமேனிய சுதந்திர இயக்கத்திற்கு உதவினார்கள், பனாமா குடியரசு உருவாக்கப்பட்டது.
ஆரம்பத்தில் கொலம்பியக் கொடியின் வண்ணங்களைப் பயன்படுத்தும் கொடி வடிவமைப்பு முன்மொழியப்பட்டது. இது சிவப்பு மற்றும் மஞ்சள் நிறங்களின் சமமான கிடைமட்ட கோடுகளைக் கொண்டிருந்தது, நீல நிற கேன்டனுடன் இரண்டு இணைக்கப்பட்ட மஞ்சள் சூரியன்களைக் கொண்டது, இது எதிர்கால பனாமா கால்வாயால் கிரகத்தின் இரண்டு பகுதிகளையும் இணைப்பதைக் குறிக்கிறது. இறுதியாக தேர்ந்தெடுக்கப்பட்ட கொடி வடிவமைப்பு ஜூலை 4, 1904 இல் அதிகாரப்பூர்வமானது; இது காலாண்டுக்கு இரண்டு நட்சத்திரங்களுடன் பிரிக்கப்பட்டது. அரசாங்கத்தின் இரண்டு முக்கிய அரசியல் கட்சிகளின் மாற்றீடே காரணம் (முதலில், தாராளவாதிகளுக்கு சிவப்பு, பழமைவாதிகளுக்கு நீலம், அவர்களுக்கு இடையே அமைதிக்கு வெள்ளை), இருப்பினும் வண்ணங்களும் நட்சத்திரங்களும் கொடியின் கொடியின் செல்வாக்கை தெளிவாக சுட்டிக்காட்டின. ஐக்கிய நாடுகள். பனமேனிய கொடியை புதிய குடியரசின் முதல் ஜனாதிபதியின் மகன் மானுவல் ஈ. அமடோர் வடிவமைத்தார்.
