பிலிப்பைன்ஸ் சுதந்திர சர்ச், ஸ்பானிஷ் இக்லீசியா காரன் Independiente, என்று அழைக்கப்படும் Aglipayan சர்ச், ரோமன் கத்தோலிக்க திருச்சபையின் ஸ்பானிஷ் மத குருமார்கள் கட்டுப்பாட்டில் எதிர்ப்புத் தெரிவிக்கும் வகையில், 1896-98 பிலிப்பைன்ஸ் புரட்சிக்குப் பிறகு 1902 இல் ஏற்பாடு சுயாதீன தேவாலயத்தில். பிலிப்பைன்ஸில் ஸ்பானிஷ் மதகுருமார்கள் மற்றும் அரசாங்க அதிகாரிகளை விமர்சித்ததற்காக புரட்சியின் போது சிறையில் அடைக்கப்பட்டிருந்த எழுத்தாளர், தொழிலாளர் தலைவர் மற்றும் செனட்டரான இசபெலோ டி லாஸ் ரெய்ஸ் ஒய் புளோரண்டினோ மற்றும் பிலிப்பைன்ஸ் ரோமன் கத்தோலிக்க பாதிரியார் கிரிகோரியோ அக்லிபே ஒய் லாபாயன் ஆகியோர் தேவாலயத்தின் கூட்டாளர்களாக இருந்தனர். புரட்சியின் சார்பாக அவரது நடவடிக்கைகளுக்காக 1899 இல் வெளியேற்றப்பட்டார். 1903 ஆம் ஆண்டில் புதிய தேவாலயத்தின் உச்ச பிஷப்பாக பணியாற்ற வேண்டும் என்ற டி லாஸ் ரெய்ஸின் கோரிக்கையை அக்லிபே ஏற்றுக்கொண்டார், 1940 இல் அவர் இறக்கும் வரை அவர் வகித்த பதவி.
தேவாலயம் ரோமன் கத்தோலிக்க வழிபாட்டு முறைகளைத் தொடர்ந்து பின்பற்றியது, ஆனால் பல ஆண்டுகளாக கோட்பாடு யூனிடேரியனிசத்தால் வலுவாக பாதிக்கப்பட்டது. 1946 ஆம் ஆண்டில் ஒரு பிளவு உருவானது, ஒரு யூனிடேரியன் பிரிவு தேவாலயத்தை விட்டு வெளியேறியது. 1946 இல் தேர்ந்தெடுக்கப்பட்ட பிஷப்பாக இசபெலோ டி லாஸ் ரெய்ஸ், ஜூனியர் என்பவரின் கீழ், தேவாலயம் 1947 இல் ஒரு புதிய அறிவிப்பை அறிவித்தது மற்றும் திரித்துவ மதத்தின் மத கட்டுரைகள். யுனைடெட் ஸ்டேட்ஸில் உள்ள புராட்டஸ்டன்ட் எபிஸ்கோபல் சர்ச் 1948 இல் பிலிப்பைன்ஸ் சுதந்திர தேவாலயத்தின் மூன்று ஆயர்களை புனிதப்படுத்தியது, மேலும் இரு தேவாலயங்களும் நெருங்கிய கூட்டணியில் நுழைந்தன. 1961 ஆம் ஆண்டில் தேவாலயம் இங்கிலாந்து சர்ச் மற்றும் பழைய கத்தோலிக்க தேவாலயங்களுடன் முழு ஒற்றுமையுடன் ஏற்றுக்கொள்ளப்பட்டது.
20 ஆம் நூற்றாண்டின் பிற்பகுதியில் 1,400,000 உறுப்பினர்.