ஜப்பானிய ஆர்த்தடாக்ஸ் சர்ச், கிழக்கு ஆர்த்தடாக்ஸ் சர்ச்சின் தன்னாட்சி அமைப்பு, டோக்கியோவின் பெருநகரத்தின் தேர்தலை உறுதிப்படுத்தும் மாஸ்கோவின் ஆணாதிக்கத்துடன் நியமன உறவில். ஜப்பானிய ஆர்த்தடாக்ஸ் தேவாலயம் ஒரு சிறந்த மிஷனரியான நிகோலே கசட்கின் (1836-1912) முயற்சியால் உருவாக்கப்பட்டது, அவர் ஜப்பானின் முதல் ஆர்த்தடாக்ஸ் பேராயராக ஆனார் மற்றும் 1970 இல் ஒரு துறவியாக நியமிக்கப்பட்டார்.
பணி தொடங்கியதிலிருந்து (1872), தேவாலயம் ஒருபோதும் வெளிநாட்டு மிஷனரி பணியாளர்களை சார்ந்து இருக்கவில்லை. டோக்கியோவில் ஒரு செமினரியில் பயிற்சியளிக்கப்பட்ட பின்னர் ஜப்பானிய பாதிரியார்கள் நியமிக்கப்படுகிறார்கள், மேலும் மதகுருமார்கள் மற்றும் பாமர மக்களின் கூட்டமும் தேவாலயத்தின் விவகாரங்களை முழுமையாகக் கட்டுப்படுத்துகிறது. ஜப்பானிய ஆர்த்தடாக்ஸியின் இந்த பூர்வீக தன்மை ருஸ்ஸோ-ஜப்பானிய போர் மற்றும் இரண்டு உலகப் போர்கள் போன்ற பல அரசியல் சோதனைகள் மற்றும் தனிமைப்படுத்தப்பட்ட காலங்களில் இருந்து தப்பிக்க அனுமதித்தது. 1945 மற்றும் 1970 க்கு இடையில் இந்த தேவாலயம் ரஷ்ய பெருநகர அமெரிக்காவின் திருச்சபையின் கீழ் இருந்தது. 1970 ஆம் ஆண்டில் அதன் தாய் தேவாலயமான மாஸ்கோவின் ஆணாதிக்கத்திலிருந்து ஒரு நிரந்தர தன்னாட்சி சட்டத்தைப் பெற்றது. டோக்கியோவின் ஆர்த்தடாக்ஸ் கதீட்ரல்-நிகோலே கதீட்ரல் என்று அழைக்கப்படுகிறது, அதன் நிறுவனர் நிகோலே கசட்கின்-ஜப்பானிய தலைநகரில் உள்ள மிகப்பெரிய மத கட்டிடங்களில் ஒன்றாகும். சுமார் 30,000 உறுப்பினர்களைக் கொண்ட இந்த தேவாலயத்தில் டோக்கியோ, கியோட்டோ மற்றும் செண்டாய் ஆகிய நாடுகளில் மறைமாவட்டங்கள் உள்ளன.